Pierwsza informacja o Szkole Podstawowej w Chojnie pochodzi z 1832 roku. Wymienia się ją w dokumentach z wizytacji dziekańskich – jako parafialną, podległą proboszczowi w Biezdrowie. Drugą ważną datą był rok 1852. Dziennik Urzędowy Królewskiej Regencji w Poznaniu ogłosił: „posada dla nauczyciela katolickiego w Chojnie powiatu szamotulskiego, z której jest dochodu: talarów 42 w gotowiźnie, 32 korce żyta, przy wolnym pomieszkaniu i 6 sążniach drzewa opałowego, niemniej dowolnym użytku 12 i 1/3 mórg roli, od dnia 1 stycznia roku przyszłego począwszy zawakuje. Dozór szkolny ma prawo do zaprezentowania kandydata. Poznań, dnia 9 listopada1852. Król. Reg. II”
W 1852 roku szkoła katolicka w Chojnie przeszła pod zarząd władz pruskich. Wprowadzono obowiązek nauki szkolnej. Szkoła stopniowo likwidowała analfabetyzm, dała szansę poznania świata poprzez naukę języka niemieckiego. Stała się symulatorem rozwoju na naszym terenie. Uczyniła z mieszkańców Chojna obywateli Europy. Od tego momentu wielu z nich wyjeżdżało na roboty do Niemiec (Westfalii, Nadrenii, Zagłębia Rury) i zdobywało tam kwalifikacje zawodowe. Zostali wprowadzeni w arkany i tryby nowoczesnej gospodarki Niemieckiej. Przyjeżdżając do wsi rodzinnej przywozili ze sobą nie tylko środki finansowe, ale przede wszystkim nowego zaszczepionego ducha rozwoju. Widziano potrzebę wyjścia wsi z izolacji gospodarczej, kulturalnej i religijnej. Chojno z wsi drewnianej przeobraziło się w wieś murowaną. Wzrosła liczba mieszkańców. W 1898 roku został wybudowany nowy okazały budynek szkoły z trzema klasami i mieszkaniami dla nauczycieli. Zastąpił on stary drewniany.
W okresie Powstania Wielkopolskiego szkoła stała się miejscem kwaterowania oddziałów wojskowych z Ostrzeszowa, które weszły w skład armii powstańczej. Granica frontu przebiegała wówczas środkiem puszczy. W czasie drugiej wojny światowej w 1941 r. kwaterowało w szkole wojsko niemieckie, a w 1943 r. umieszczono w niej rodziny niemieckie – uchodźców czarnomorskich. W 1963 roku szkoła została zelektryfikowana. Od 1980 roku, przy dużym zaangażowaniu dyrektora Tadeusza Ciesielskiego szkoła przechodziła remont: zmianę dachu, podłóg, wyeliminowanie pieców, powstało centralne ogrzewanie. W sierpniu 1995 r. rozpoczęto długo oczekiwaną rozbudowę szkoły o sanitariaty, prysznice, a następnie pomieszczenia nad toaletami z pełnym wykorzystaniem poddasza. Prace budowlane zakończono w grudniu 1997 roku a następnie dokonano remontu kapitalnego starej części szkoły. Uroczyste przecięcie wstęgi nastąpiło w czerwcu 1998 roku z okazji 100 – lecia budynku szkolnego. Rozbudowa i remont szkoły możliwy był dzięki wsparciu Pana Burmistrza Kazimierza Michalaka oraz holenderskich przyjaciół, którzy umeblowali nowe pomieszczenia szkoły.
Modernizacja poprawiła w sposób zdecydowany warunki nauczania oraz warunki socjalne dla dzieci i nauczycieli. Wykorzystując walory turystyczne Chojna na bazie szkoły w okresie letnim został utworzony ośrodek kolonijny dla dzieci. Od momentu zakończenia rozbudowy, klasy zamieniają się w bazę turystyczno – noclegową, która może pomieścić około 60 osób. Wakacje w Chojnie spędziły dzieci z Krakowa, Łodzi, Poznania, Lubonia oraz gościli również młodzi sportowcy z Plerin z Francji.
Z początkiem roku szkolnego 2006/2007 dyrektorem szkoły została Małgorzata Jankowska. Szkoła przeszła remont: wymalowano niektóre sale, przeniesiono bibliotekę szkolną. Wyposażono również bazę turystyczną w nowe łóżka. Przed szkołą zostały zasadzone krzewy i ułożono nowy chodnik. Od września 2007 roku uczniowie naszej szkoły korzystają z nowej pracowni komputerowej sfinansowanej przez Europejski Fundusz Społeczny. Od 1 września 2009 otwarto w naszej szkole oddział przedszkolny.
Bardzo ważnym wydarzeniem w życiu szkoły był dzień 11 czerwca 2010 roku, bowiem tego dnia miała miejsce uroczystość nadania naszej szkole imienia Agnieszki Bartol.